Kelemahan pam mikro terutamanya termasuk aspek berikut:
1. Sekatan ke atas keadaan operasi
Tidak boleh berjalan tanpa air untuk masa yang lama: pam mikro mudah terbakar dalam keadaan kekurangan air, terutamanya kerana pam dalam melahu atau putaran kering, bahagian motor dan mekanikal akan rosak oleh kekurangan pelinciran dan penyejukan.
Kapasiti penyebuan sendiri tidak mencukupi: sesetengah pam mikro tidak mempunyai kapasiti penyebuan sendiri dan mesti ditenggelami atau dipasang di bawah paras cecair untuk berfungsi seperti biasa, yang mengehadkan senario penggunaannya.
Kedua, prestasi dan kecekapan
Tekanan keluaran terhad: Tekanan keluaran (kepala) pam mikro tenggelam biasanya tidak tinggi, jadi ia lebih sesuai untuk aliran besar dan keadaan kepala rendah.
Masalah hingar: Walaupun sesetengah pam mikro seperti pam tanpa berus DC berfungsi dengan baik dari segi senyap, masih terdapat beberapa produk dengan masalah bunyi yang besar, terutamanya pada kelajuan tinggi.
Penyelenggaraan dan kos
Kos penyelenggaraan yang tinggi: Untuk sesetengah jenis pam mikro, seperti pam DC tanpa berus, kos penyelenggaraan mungkin tinggi disebabkan pembinaannya yang kompleks. Di samping itu, sekiranya berlaku kegagalan, penyelenggaraan profesional mungkin diperlukan.
Kos yang lebih tinggi: Berbanding dengan sesetengah pam tradisional, kos pembuatan pam mikro adalah lebih tinggi, yang juga membawa kepada harga jualannya yang agak tinggi.
4. Kelemahan lain
Mudah dipakai: Untuk pam mikro yang menggunakan berus karbon untuk menterbalikkan, berus karbon akan haus dengan peningkatan masa penggunaan, mengakibatkan peningkatan bunyi atau bahkan kegagalan.
Masalah resonans: Dalam sesetengah kes, frekuensi getaran motor pam mikro mungkin sama atau hampir dengan frekuensi getaran bingkai atau bahagian plastik di sekelilingnya, mengakibatkan berlakunya fenomena resonans.